O edifício da Quinta das Alagoas foi um modesto mas imprescindível protagonista no apoio aos fortes da orla marítima do Barlavento Algarvio na defesa dos bens agrícolas das populações desta zona desde o séc. XIV. A Ribeira de Vale de Barão, navegável antes do terramoto de 1755 desde a Praia de Almádena, hoje Boca do Rio, até Almádena, facilitava o acesso de embarcações desde a costa até à região fértil das Alagoas.
Em 1323 o rei D. Dinis, que instaurou em Portugal o Ius Crenelandi, o princípio jurídico que proclama o monopólio régio de edificar obras militares, autorizou João Cordeiro de Lagos a fazer ameias na Torre por ele construída no Lugar de Budens “porque era en logar que se temya dos mouros… en Ribamar”. Em 1360 o rei D. Pedro I concedeu aos moradores de Lagos um privilégio único no Algarve: a de ali poderem usar armas proibidas.
“A partir de 1551 a defesa das costas contra os corsários e piratas exige não só as armadas de guarda da costa como o funcionamento da organização militar local, para a vigilância das praias e dos portos. As fortalezas, novas ou velhas passam a ter os seus artilheiros profissionais instalados em permanência, pelo menos de Maio a Outubro. As sobrerroldas de cavalos e a montagem de vigias em atalaias e avisos a partir de fachos instalam-se e entram nas rotinas das populações, pelo menos no Algarve.”
O edifício central da quinta fortificada, cuja construção será datada do final do séc. XIV, é um fortim e atalaia de apoio aos fortes da costa (neste caso aos fortes de Almádena, Burgau e Luz) cuja função era defender dos piratas mouros os bens agrícolas das populações daquela região.