Após a cristianização da área do cabo de S. Vicente esta região manteve o culto cristão por parte dos moçárabes mesmo durante o período de ocupação árabe.
Durante o séc. XII o cartógrafo árabe al-Idrisi refere-se à Igreja do Corvo próxima de Sagres nos seguintes termos:
Sobre esta igreja estão sempre dez corvos; nunca ninguém constatou a sua ausência; os padres que servem esta igreja contam sobre estes corvos coisas maravilhosas, mas duvidaríamos da veracidade de quem as repetisse. É impossível passar por esta igreja sem tomar parte na grande refeição (adiafa) que ali se oferece a todos os que passam, qualquer que seja a sua condição. É uma tradição que se repete desde os tempos mais antigos.
Também Abu Hamid al-Andalusi se refere no mesmo séc. a esta igreja:
Um grande edifício em forma de cúpula, conhecido por Igreja do Corvo; sobre o qual se vê um corvo a esvoaçar sem nunca se afastar dali. Em frente da cúpula está uma mesquita visitada pelos muçulmanos, convencendo-se eles que a oração ali feita é melhor ouvida. A gente desta igreja tem a obrigação de servir a adiafa aos muçulmanos que visitam a mesquita; e logo que a esta chega um romeiro, o corvo introduz a cabeça no interior da igreja e dá tantos gritos quantos são os peregrinos. Contam também os sacerdotes que nunca deixam de ver este corvo e não sabem onde ele come nem onde bebe.
Inicialmente integrado no império omíada do norte de África como um emirato, o Al Andaluz transformou-se num califado independente em 929, com sede em Córdova, seguindo a ortodoxia sunita, em oposição aos xiitas do norte de África.
Em 1031 o califado desagrega-se e o Al-Andaluz é retalhado em inúmeros reinos (as taifas) segundo afinidades étnicas: berberes, sírios, egípcios, etc. Em 1081 o rei da taifa de Sevilha pede auxílio aos almorávidas do norte de África na luta contra os cristãos mas outros soberanos muçulmanos, receosos do poder crescente do emir Yusuf ibn Tashfin do norte de África, aliam-se com Afonso VI de Leão mas são derrotados pelos almorávidas em 1091. Estes acabam por conduzir operações militares em todo o território e impõem um poder religioso intransigente e um apertado controle fiscal sobre as populações.
A Igreja do Corvo terá sido completamente destruída neste período. O centro do poder muçulmano da região desloca-se da península ibérica para o norte de África.
O culto de S. Vicente terá sido introduzido na corte portuguesa pelo conde D. Henrique, através dos seus antepassados, os duques de Borgonha. Após a conquista de Lisboa em 1143 por D. Afonso Henriques e com a ajuda dos cruzados, é construída a Igreja de Santa Maria Maior, a Sé de Lisboa, no local da mesquita maior, a Igreja e Convento de S. Vicente (Convento de S. Vicente de Fora) sobre o cemitério dos cruzados flamengos e alemães e a igreja de Nossa Senhora dos Mártires, no alto da Barroca sobre o cemitério dos cruzados ingleses.
Com a cidade conquistada, as populações judia e muçulmana instaladas em bairros próprios (mouraria, por ex.) e a população moçárabe integrada, D. Afonso Henriques procurar dotar a cidade de Lisboa de relíquias que pudessem concorrer com outros destinos de peregrinação cristã como Santiago de Compostela. Iniciou por isso diligências com vista à localização da Igreja do Corvo, ao que parece com o auxílio de um antigo moçárabe que terá servido nessa igreja e que, tendo sido aprisionado pelos almorávidas, viria a ser libertado após a conquista de Lisboa. O objetivo era o transporte das relíquias do santo para Lisboa onde ficariam sob proteção real, no Convento de S. Vicente, .
Depois de uma primeira tentativa falhada, em 1173 enviou um grupo de emissários a S. Vicente, no Promontório de Sagres, que segundo reza a lenda, regressaram com o corpo do santo numa barca sobre a qual pousaram dois corvos vigilantes e viajaram com mar estranhamente calmo até Lisboa. Aí desembarcaram em segredo na noite de 15 de Setembro de 1173, depositando as relíquias na Igreja de Santa Justa.
O transporte das relíquias para S. Vicente (que dependia diretamente do rei e tinha influência dos antigos cruzados que permaneceram em Lisboa) foi no entanto impedido pelo bispo da Sé, D. Álvaro e, como resultado desta disputa, estas acabaram por seguir no dia seguinte para a Sé de Lisboa, onde foram colocadas sobre o altar-mor, de forma a demonstrar a importância reservada ao novo culto. O entusiasmo então gerado entre a população fez com que Lisboa reclamasse o santo para seu padroeiro.
Ao saber da notícia, D. Afonso Henriques, então a residir em Coimbra, apressou o regresso a Lisboa mas acabou conformado com a nova situação, gerindo o mal-estar ainda existente entre a fação estrangeira dos cruzados que permaneceram na cidade após a conquista e as populações originais moçárabes, judias e muçulmanas. Para compensar o Convento de S. Vicente o rei envia novos emissários ao promontório de Sagres na esperança de encontrar fragmentos esquecidos. Remexendo a terra, acabaram supostamente por encontrar as tábuas do caixão do santo que o rei ofereceu ao convento de S. Vicente.
O rei acabou por receber um braço do santo e outras pequenas relíquias que acabaram por ser oferecidas à Igreja de Santa Cruz de Coimbra, ao arcebispado de Braga e à Sé do Porto.
Curiosamente ainda hoje se celebra a Missa a S. Vicente, em rito moçárabe, na Sé de Lisboa.